فرآیند کلی انجام پروژه ها در قالب 20 بند تعریف شده است که توسط مکانیزم کنترل پروژه و کاملاً اختصاصی، کلیه فعالیتها و مسئولین مربوط در حداقل زمان ممکن کار رسیدگی به امور مشاوره ها و انجام هر چه سریعتر مشکلات فنی صنایع را به انجام می رسانند. نکته حائز اهمیت رایگان بودن مشاوره ها می باشد که با یارانه طرح مطالعات کاربردی وزارت صنایع و معادن اختصاص می یابد و بعد از تعریف پروژه نیز کلینیک صنعت و معدن نقش نظارتی خود را بر روی پروژه ها از نظر حسن انجام کار، حفظ می نماید. در خصوص موضوعات مشاوره های صورت گرفته در بخش های مختلف و تخصصی کلینیک صنعت و معدن به موارد زیر می توان اشاره نمود :